Antibiotiká sú určené na liečbu bakteriálnych infekcií. Keď ich pediater predpíše, ich prínos je spravidla dôležitejší než riziko bežných nežiaducich účinkov. Liek však nerozlišuje všetky baktérie podľa toho, či nám škodia alebo prirodzene žijú v čreve. Preto môže popri pôvodcovi infekcie dočasne ovplyvniť aj zloženie črevnej mikrobioty – pestrého spoločenstva mikroorganizmov, ktoré sa podieľa na trávení a spolupracuje s imunitným systémom.
Neznamená to, že dieťa má po každom antibiotiku „zničené črevá“ alebo oslabenú imunitu. Mikrobiota sa priebežne mení podľa veku, jedla, chorôb, prostredia aj liekov a po ukončení liečby sa zvyčajne postupne upravuje. Rýchlosť a priebeh sú individuálne. Niektoré deti nemajú žiadne tráviace ťažkosti, iné trápi redšia stolica, nafukovanie, pobolievanie bruška, nevoľnosť alebo slabšia chuť do jedla.
Cieľom domácej starostlivosti preto nie je agresívny „detox“ ani množstvo doplnkov. Oveľa užitočnejšie je sledovať dieťa ako celok, dbať na tekutiny, ponúkať primerané jedlá, dodržať pokyny k lieku a dať tráveniu čas. Pri výrazných alebo neobvyklých príznakoch má rozhodovať pediater.